Un projet de méthaniseur annulé pour les insuffisances d’une évaluation Natura 2000

Par un arrêt du 8 avril 2025, la cour administrative d’appel de Bordeaux a rappelé que l’évaluation des incidences des projets sur les zones Natura 2000 n’est pas une simple formalité. Elle doit être réalisée avec une véritable rigueur méthodologique.

Dans cette affaire, la cour a annulé une preuve de dépôt d’une déclaration préfectorale d’exploiter une installation de méthanisation. La juridiction a estimé que l’évaluation des incidences présentait des lacunes et des contradictions majeures.

C’est l’occasion de revenir sur les enjeux de préservation et sur la législation qui encadre le développement de projets dans les zones Natura 2000.

Natura 2000 : un réseau européen de protection de la biodiversité

Les zones Natura 2000 forment un réseau de sites naturels protégés à l’échelle de l’Union européenne. Elles sont issues de deux directives européennes :

• la directive dite « Oiseaux » de 1979, aujourd’hui remplacée et actualisée par une directive du 30 novembre 2009 concernant la conservation des oiseaux sauvages (2009/147/CE),
• la directive « Habitats, Faune, Flore » du 21 mai 1992 (92/43/CEE), sur la conservation des habitats naturels et des espèces menacées.

On distingue deux types de zones :

• Les Zones de Protection Spéciale (ZPS) : elles concernent la conservation d’oiseaux menacés ou rares.
• Les Zones Spéciales de Conservation (ZSC) : elles visent à préserver des habitats ou espèces végétales et animales patrimoniales.

Ainsi, les zones Natura 2000 visent à préserver la biodiversité à l’échelle de l’Union européenne, tout en intégrant les activités humaines dans ces espaces. L’objectif est de favoriser une gestion durable conciliant protection de la nature et développement local (agriculture, sylviculture, tourisme, etc.).

En quoi consiste l’évaluation des incidences Natura 2000 ?

L’évaluation des incidences sur les zones Natura 2000 est encadrée par les articles L. 414-4 et R. 414-23 du Code de l’environnement.

Elle s’impose à tout projet soumis à un régime d’autorisation, d’approbation ou de déclaration, dès lors qu’il figure sur une liste nationale ou locale.

Même si le projet n’est pas inscrit sur ces listes, une évaluation peut être exigée par l’administration s’il est susceptible d’avoir un impact significatif sur un site Natura 2000.

Le dossier à fournir doit inclure :

– une présentation du projet,

– une carte de sa localisation,

– une analyse des effets possibles sur les habitats ou les espèces protégés (effets directs, indirects, temporaires ou permanents).

Dès lors que des effets significatifs dommageables sont identifiés, le dossier doit comporter des mesures d’évitement ou de réduction destinées à limiter ces incidences.

L’affaire devant la cour : un méthaniseur contesté dans les Deux-Sèvres

Le 20 février 2023, la société Deux Sèvres Biogaz 4 a déclaré à la préfecture son projet d’installation de méthanisation à Lezay. Celui-ci avait vocation à traiter des déchets non dangereux et à injecter du biométhane dans le réseau.

Cependant, des associations de protection de l’environnement ainsi que plusieurs particuliers ont saisi le tribunal administratif. Ils contestaient la preuve de dépôt délivrée par la préfète des Deux-Sèvres. Leur critique principale portait sur l’insuffisance de l’évaluation des incidences sur le site Natura 2000 concerné.

Le tribunal administratif de Poitiers a rejeté leur requête en juillet 2024. Les requérants ont donc relevé appel de ce jugement.

La cour administrative d’appel de Bordeaux annule la décision

Dans son arrêt du 8 avril 2025, la cour administrative d’appel de Bordeaux a annulé la preuve de dépôt de déclaration d’exploiter. Elle juge que l’évaluation comportait des insuffisances, des contradictions et des carences méthodologiques manifestes.

Des espèces protégées ignorées ou mal évaluées

La cour relève notamment que :

• une espèce protégée était déclarée présente, mais l’évaluation affirmait qu’il n’y aurait aucune altération de son habitat, tout en indiquant que sa zone de reproduction serait détruite ;
• une autre espèce identifiée comme menacée de dérangement durable n’était pas mentionnée dans la synthèse des incidences ;
• trois espèces protégées figuraient dans l’état initial, sans qu’une analyse d’incidences n’ait été menée dans le reste du dossier.

Une analyse environnementale insuffisante et imprécise

Par ailleurs, la cour reproche au pétitionnaire :

• de ne pas avoir localisé précisément le projet dans la zone Natura 2000 ;
• de ne pas avoir décrit la topographie, l’hydrographie, les écosystèmes ou encore les objectifs de conservation du site ;
• de se contenter d’affirmer que la période de réalisation des travaux permettrait d’éviter les incidences, sans fonder cette affirmation sur une analyse technique ou scientifique.

En outre, l’étude n’indiquait pas que le site se trouve dans une Zone de Protection Spéciale (ZPS) abritant plusieurs espèces prioritaires : l’Outarde canepetière, le Busard cendré, l’Œdicnème criard, la Pie-grièche écorcheur et le Busard Saint-Martin.

Ainsi, la cour conclut que l’évaluation « ne peut pas être regardée comme proportionnée aux enjeux de conservation des habitats et des espèces en présence » (point 8 de l’arrêt). Elle décide donc d’annuler la preuve de dépôt du 20 février 2023.

Une décision à retenir pour les porteurs de projet

Cette décision illustre l’importance, pour les porteurs de projet, d’anticiper les contraintes liées aux sites Natura 2000. Il convient d’intégrer, le plus en amont possible, les enjeux de conservation dans la stratégie globale du projet.

Elle rappelle aussi le rôle essentiel du juge administratif dans le contrôle effectif du respect des exigences méthodologiques des études d’impact et des évaluations d’incidences. En exigeant une rigueur renforcée, le juge contribue à garantir l’efficacité de ce régime de protection de la biodiversité dans les zones Natura 2000.

📰 Voir aussi notre article : Énergies renouvelables : le Conseil d’État confirme la légalité de la simplification des conditions d’obtention d’une dérogation “espèces protégées”

📚 Références :

Cour administrative d’appel de Bordeaux, 8 avril 2025, n° 24BX02237

Directive 2009/147/CE du Parlement européen et du Conseil du 30 novembre 2009 concernant la conservation des oiseaux sauvages

Directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages

Articles L. 414-4 et R. 414-23 du Code de l’environnement (évaluation des incidences Natura 2000)